Οι πρώιμες ποικιλίες αμυγδαλιάς στις πρώιμες περιοχές της Κεντρικής Ελλάδας βρίσκονται στο στάδιο της πράσινης ή ρόζ και λευκής κορυφής. 
Μία από τις σημαντικές μυκητολογικές ασθένειες, είναι η μονίλια, όπου ο μύκητας διαχειμάζει στα έλκη, στους μουμιοποιημένους καρπούς και στους αποξηραμένους κλάδους.
Η είσοδος του παθογόνου στο δένδρο γίνεται από οποιοδήποτε μέρος του άνθους και από τους καρπούς.
Συνθήκες ανάπτυξης: Βροχερός, υγρός, και νεφοσκεπής καιρός είναι ευνοϊκός για την μόλυνση των ανθέων μέσα σε λίγες ώρες. Οι μολύνσεις πραγματοποιούνται σε θερμοκρασίες από 5-270C με άριστη θερμοκρασία ανάπτυξης 10-15oC και υψηλή σχετική υγρασία 90%.
Oι χαμηλές θερμοκρασίες επιμηκύνουν την διάρκεια της άνθησης και το χρονικό διάστημα που τα δένδρα είναι ευπαθή στις μολύνσεις.
Τα προσβεβλημένα άνθη και οι βλαστοί μοιάζουν σαν ζεματισμένοι ή καμένοι. Ο μύκητας εξαπλώνεται και στο φλοιό των παλαιοτέρων κλάδων, όπου σχηματίζει έλκη στα οποία εμφανίζεται έκκριση κόμμεος.
Καταπολέμηση:
- Κλάδεμα και καταστροφή με φωτιά των προσβεβλημένων κλαδίσκων, κλάδων και μουμιοποιημένων καρπών του δένδρου.
- Για την προστασία της Αμυγδαλιάς από τον μύκητα συνιστώνται τρείς ψεκασμοί: ο πρώτος στο βλαστικό στάδιο της λευκής ή ροζ κορυφής των μπουμπουκιών, ο δεύτερος στην πλήρη άνθηση και ο τρίτος λίγες μέρες μετά την ολοκλήρωση της πτώσης των πετάλων. Σε περίπτωση βροχερού καιρού επιβάλλεται η επανάληψη του ψεκασμού. Για να είναι αποτελεσματική η χημική καταπολέμηση θα πρέπει να εφαρμόζεται από το σύνολο των παραγωγών διότι τα σπόρια του μύκητα μεταφέρονται με τον αέρα σε μεγάλες αποστάσεις. Οι ψεκασμοί να γίνονται με εγκεκριμένα και επιτρεπόμενα για την καλλιέργεια φυτοπροστατευτικά προϊόντα.
Φώμοψη ή Έλκος Κλαδίσκων
Η ασθένεια προκαλεί ξήρανση των κλαδίσκων του έτους, νέκρωση των οφθαλμών και καστανές ακανόνιστες έως κυκλικές κηλίδες στα φύλλα. Η ζημιά ξεκινάει με τον σχηματισμό νεκρωτικής κηλίδας στη βάση ή γύρω από έναν οφθαλμό.
Η εγκατάσταση του παθογόνου στους βλαστούς του έτους γίνεται από τις ουλές των φύλλων, των ανθέων και από τα λέπια των οφθαλμών.
Συνθήκες ανάπτυξης: Υγρός και βροχερός καιρός (κατά την βλαστική περίοδο) είναι απαραίτητος για την πραγματοποίηση των μολύνσεων. Οι θερμοκρασίες για την ανάπτυξη του μύκητα είναι 5-360C (άριστη 27-290C).Τα μολύσματα διασπείρονται με το νερό (βροχή, δρόσος) σε μικρές αποστάσεις, ενώ με τον άνεμο τα έντομα και το πολλαπλασιαστικό υλικό σε μεγάλες αποστάσεις. Το φθινόπωρο και η άνοιξη είναι οι σημαντικότερες εποχές για την πραγμαοποίηση των μολύνσεων.
Συστάσεις: Α) Καλλιεργητικά μέτρα: Αφαίρεση και καταστροφή με φωτιά όλων των προσβεβλημένων βλαστών (ανεξαρτήτου εποχής). Αυτό το μέτρο για να είναι αποτελεσματικό πρέπει να εφαρμόζεται από όλους τους καλλιεργητές της περιοχής μόλις εμφανιστούν τα συμπτώματα της ασθένειας. Β) Συνιστάται ψεκασμός των δένδρων την άνοιξη κατά την περίοδο έκπτυξης των οφθαλμών μέχρι του σχηματισμού και της διόγκωσης των νεαρών καρπιδίων με εγκεκριμένα για το παθογόνο και την καλλιέργεια φυτοπροστατευτικά σκευάσματα.
Κορύνεο – Εξωασκός
Μυκητολογικές ασθένειες που προσβάλλουν τα φύλλα, τα άνθη και στη συνέχεια και τους καρπούς. 
Το κορύνεο προκαλεί νεκρωτικές κηλίδες στα φύλλα και στους καρπούς, μικρά έλκη στους βλαστούς και κλάδους. Ο εξώασκος προσβάλει τα ακραία νεαρά φύλλα την άνοιξη, τα οποία παραμορφώνει.
Συνιστώνται ψεκασμοί για τις περιοχές που τα δένδρα βρίσκονται στο τελικό στάδιο της διόγκωσης των οφθαλμών και επανάληψή τους μετά την πτώση των πετάλων, με κατάλληλα και εγκεκριμένα φυτοπροστατευτικά προϊόντα, σε συνδυασμό με την καταπολέμηση της μονίλιας.
Πολυστίγμωση
Υγρός και βροχερός καιρός είναι παραίτητος για την πραγματοποίηση των μολύνσεων. Τα φύλλα είναι ευπαθή στις μολύνσεις καθόλη την βλαστική περίοδο. 
Οι προσβολές από τον μύκητα είναι σοβαρές όταν η βροχή και η υγρασία διαρκούν περισσότερο από 2-3 ημέρες. Οι μολύνσεις αρχίζουν με την εμφάνιση των πρώτων φύλλων και συνεχίζονται μέχρι τα μέσα Ιουνίου. Ο μύκητας προσβάλλει τα φύλλα της αμυγδαλιάς στα οποία δημιουργεί μεγάλες κηλίδες χρώματος κιτρινοπορτοκαλί αρχικά και κοκκινοσταχτί τελικά.
Προκαλεί καταστροφή των φύλλων και πρώιμη φυλλόπτωση.
Η ασθένεια αντιμετωπίζεται με προληπτικούς ψεκασμούς με κατάλληλα και εγκεκριμένα μυκητοκτόνα από την έκπτυξη των πρώτων φύλλων μέχρι τέλος Μαΐου. Οι ψεκασμοί επαναλαμβάνονται εφόσον επικρατεί βροχερός καιρός.
Φυτοφθόρα
O μύκητας μεταδίδεται από το έδαφος στο λαιμό του δένδρου και ευνοείται από την ύπαρξη τραυμάτων στο σημείο εμβολιασμού ή στις ρίζες των δένδρων. Η ζημιά εκδηλώνεται αργά την άνοιξη την εποχή της έναρξης της βλάστησης. 
Τα δένδρα σταματούν να βλαστάνουν, τα φύλλα τους γίνονται μικρά, χλωρωτικά και προοδευτικά παρατηρούνται ξηράνσεις κλάδων, βλαστών και όταν είναι μικρά ξηραίνονται. Η ασθένεια ευνοείται από την υψηλή υγρασία που ενδέχεται να υπάρχει κοντά στο λαιμό του δένδρου.
Συστάσεις:
- Ξελάκωμα των δένδρων και καθάρισμα των ζιζανίων γύρω από τον κορμό.
- Να γίνει επάλειψη του κορμού των δένδρων από το σημείο λίγο κάτω από την επιφάνεια του εδάφους μέχρι το σημείο διακλάδωσης των βραχιόνων με πυκνό βορδιγάλειο πολτό.
- Ψεκασμός των δένδρων με κατάλληλα και εγκεκριμένα φυτοπροστατευτικά σκευάσματα για τη φυτόφθορα.
Ανθράκωση – Κερκόσπορα
H ανθράκωση προκαλεί συμπτώματα παρόμοια με το κορύνεο. Προσβάλει τα φύλλα τους βλαστούς και τους καρπούς. Στους καρπούς προκαλεί καστανές βυθισμένες κηλίδες,οι ιστοί του πράσινου περικάρπιου ξεραίνονται ενώ οι ιστοί του ξυλώδους ενδοκαρπίου σαπίζουν. 
Η κερκόσπορα εμφανίζεται συνήθως στα φυτώρια με νεαρά δένδρα προσβάλει τα φύλλα στα οποία εμφανίζονται κυκλικά νεκρωτικά στίγματα και μεγάλες κιτρινοκαστανές κηλίδες.
Οι ψεκασμοί για την αντιμετώπιση του κορύνεου είναι επαρκείς και για την καταπολέμηση της ανθράκωσης και κερκόσπορας.
