Η Ιωάννα Λίλη έκανε μια σπάνια δημοσίευση με τον σύζυγό της, Θοδωρή Ζαγοράκη.
Συγκεκριμένα, το μοντέλο και παρουσιάστρια ανάρτησε μια φωτογραφία τους, στην οποία είναι αγκαλιασμένοι και χαμογελούν ο ένας στον άλλο, ενώ στη λεζάντα, γράφει: «Μόνο η δική σου αγκαλιά».
Το ζευγάρι παντρεύτηκε τον Νοέμβριο του 2006, λίγο πριν από τη γέννηση του πρώτου τους παιδιού ενώ το 2007 γεννήθηκε η κόρη τους, Μαρία. Το 2010 ο Θοδωρής Ζαγοράκης και η Ιωάννα Λίλη έγιναν για δεύτερη φορά γονείς, αφού ήρθε στη ζωή ο γιος τους, Ιωάννης.
Η Ιωάννα Λίλη, σε συνέντευξή της στο The 2Night Show και τον Γρηγόρη Αρναούτογλου, έχει πει για τον γάμο της με τον Θοδωρή Ζαγοράκη: «Όλα τα ζευγάρια περνάνε τα σκαμπανεβάσματά τους. Αν υπάρξει ζευγάρι που θα σου πει πως όλα είναι τέλεια και καταπληκτικά, θα σου πει ψέματα. Το θέμα είναι να είσαι εκεί και να είσαι βράχος, αλλά και να κάνεις και τις υποχωρήσεις που χρειάζεται γιατί αν δεν τις κάνεις της υποχωρήσεις εκεί το χάνεις το παιχνίδι».
